《Free男子游泳部劇場版》講述小學時期，四位隸屬游泳學會的成員于畢業(yè)前的大會奪得冠軍，留下難忘的回憶后分道揚鑣。時移世逆，悠閑度日的高中生少年七瀨遙，突然有一天遇到他小學時代的游泳社的伙伴松岡凜。凜一邊懷舊的同時向遙提出挑戰(zhàn)，結果凜將遙壓倒性擊敗。以此為契機，遙決定跟高中同校的橘真琴和葉月渚重新集結，加上新成員龍崎憐以及經理松岡江成立巖鳶高中的游泳部。充滿躍動感的男子高中生，展開了這個關于游泳、青春與羈絆的物語